Die SCFA lehnte sowohl die Trinkwasserinitiative als auch die Pestizidinitiative von Anfang an ab, die am 13. Juni vom Volk klar verworfen wurden.

Die Mitglieder der SCFA erachteten die Auswirkungen einer Annahme einer oder beider Initiativen als sehr gravierend. Insbesondere hätte die Planbarkeit der Verarbeitung der produzierten Rohstoffe auf Grund der zu erwartenden hohen Ernteausfälle stark gelitten. Zudem hätten sich die Produkte wegen ihrer beschränkten Verfügbarkeit stark verteuert.

Besser als Verbote scheint den Mitgliedern der SCFA deshalb zu sein, auf Innovationen auf freiwilliger Basis zu setzen. Diese werden durch verschiedene griffige Massnahmen aus dem Aktionsplan Pflanzenschutz des Bundesrates ergänzt. Der Bundesrat hat an seiner Sitzung vom 28. April 2021 zudem die Vernehmlassung zu einem Massnahmenplan eröffnet, der das Wasser in der Schweiz besser schützen will. Der «Massnahmenplan Sauberes Wasser» enthält ein Paket von Landwirtschaftsverordnungen im Zusammenhang mit der parlamentarischen Initiative 19.475 «Reduktion des Risikos beim Einsatz von Pflanzenschutzmitteln». Mit den neuen Gesetzesbestimmungen wird der Schutz der Umwelt und der Gewässer vor negativen Auswirkungen des Einsatzes von Pflanzenschutzmitteln und Bioziden sowie vor Nährstoffüberschüssen gestärkt, unter anderem durch einen verbindlichen Absenkpfad für die landwirtschaftlichen Nährstoffverluste.